在半年前的一系列事件之后，魔法少女高町奈叶（田村由香里配音）的日常生活彻底改变。她结识了新朋友尤诺·斯克莱亚（水桥香织饰），两人共同对抗邪恶势力，并最终与深藏无数秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈配音）成为密友。然而，新的学期开始不久，一切都出现了转折点：一个平时风平浪静的夜晚，奈叶和菲特在毫无预警的情况下被维塔（真田麻美配音）等三名违法渡行者袭击，她们心爱的魔导器也因此受损。这突如其来的打击打破了原本平静的生活，新的敌人、新的挑战接踵而至，让两人的魔法少女之路变得更加复杂和艰辛。随着故事的推进，高町奈叶和菲特必须重新武装自己，不仅要在与维塔及其同伙的对抗中生存下来，还要解开围绕她们身边的谜团。这不仅仅是一场关于力量的较量，更是一次深刻的成长之旅——在逆境中磨砺自我，在友情的光辉下共同前行。《魔法少女奈叶The MOVIE 2nd As》通过紧张刺激的剧情和精彩的动作场面，为观众呈现了一场令人难忘的冒险故事，同时也展现了魔法少女们不屈不挠的精神。
